第三方认证机构的HACCP认证，不仅可以为企业食品安全控制水平提供有力佐证，而且将促进企业HACCP体系的持续改善，尤其将有效提高顾客对企业食品安全控制的信任水平。在国际食品贸易中，越来越多的进口国官方或客户要求供方企业建立HACCP体系并提供相关认证证书，否则产品将不被接受。据中国进出口商品检验总公司HACCP认证协调中心主任朱晓南介绍，HACCP体系认证通常分为四个阶段，即企业申请阶段、认证审核阶段、证书保持阶段、复审换证阶段。
企业申请阶段首先，企业申请HACCP认证必须注意选择经国家认可的、具备资格和资深专业背景的第三方认证机构，这样才能确保认证的权威性及证书效力，确保认证结果与产品消费国官方验证体系相衔接。在我国，认证认可工作由国家认证认可监督管理委员会统一管理，其下属机构中国合格评定国家认可委员会（CNAS）负责HACCP认证机构认可工作的实施，也就是说，企业应该选择经过CNAS认可的认证机构从事HACCP的认证工作。
食品企业在提交认证申请前，应与认证机构进行全面有效的信息沟通。HACCP不是空中楼阁，它要求食品企业应首先具备一定的基础，这些基础包括：良好生产作业规范（GMP）、良好卫生操作（GHP）或标准卫生操作程序（SSOP）以及完善的设备维护保养计划、员工教育培训计划等，企业应该已经按照现有中国法律法规的相关规定，如原国家出入境检验检疫局于1994年发布的“出口食品厂库卫生要求”或国家标准“食品企业通用卫生规范”（GB14881－94）等建立了食品卫生控制基础，企业应该已经具备在卫生环境下对食品进行加工的生产条件。申请认证的企业应就审核依据，特别是认证所涉及产品的安全卫生标准及产品消费对象、消费国家和地区等达成一致。
认证机构将对申请方提供的认证申请书、文件资料、双方约定的审核依据等内容进行评估。认证机构将根据自身专业资源及CNAS授权的审核业务范围决定受理企业的申请，并与申请方签署认证合同。
在认证机构受理企业申请后，申请企业应提交与HACCP体系相关的程序文件和资料，例如：危害分析、HACCP计划表、确定CCP点的科学依据、厂区平面图、生产工艺流程图、车间布局图等。申请企业还应声明已充分运行了HACCP体系。认证机构对企业提供和传授的所有资料和信息负有保密责任。认证费将根据企业规模、认证产品的品种、工艺、安全风险及审核所需人天数，按照CNAS制定的标准计费。
认证审核阶段认证机构受理申请后将确定审核小组，并按照拟定的审核计划对申请方的HACCP体系进行初访和审核，鉴于HACCP体系审核的技术深度，审核小组通常会包括熟悉审核产品生产的专业审核员，专业审核员是那些具有特定食品生产加工方面背景并从事以HACCP为基础的食品安全体系认证的审核员。必要时审核小组还会聘请技术专家对审核过程提供技术指导。申请方聘请的食品安全顾问可以作为观察员参加审核过程。
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